L'histoire se déroule en 1923. Les vampires existent depuis déjà quelques temps. Mais un mystérieux virus, une source de sang artificielle appelée « Ascra », fait croître leur nombre. Afin de le contrer, le gouvernement a créé au sein de l'armée « Code Zero », une unité utilisant des vampires pour combattre les vampires. Historiquement créée par le lieutenant-général Nakajima, cette unité était chargée de récolter les informations de guerre. Désormais assignée a la chasse aux vampires, l'unité Code Zero a pour mission de stopper le mystérieux virus, avant que celui-ci ne provoque l'effondrement de la société.
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